反滲透系統回收率也影響滲透水的質量。回收率越高，系統最后排出的濃水濃度越高，相應地最后膜元件的滲透水濃度越高。在某些RO應用中，滲透水質量也足以限制系統回收率。
對于大型RO系統，回收率通常受難溶鹽結垢傾向的限制，也就是受到濃水的最大濃度的限制；對于小型的RO系統，回收率通常低于30~50%。在較低回收率時，RO裝置無需控制難溶鹽的溶解度也可安全運行。
反滲透純水設備的回收率和原水中溶解物質的濃縮倍率有直接關系，回收率50%的系統，濃縮倍數是2倍；回收率75%時，濃縮倍數是4倍；回收率80%時，濃縮率則為5倍；回收率達到90%時，相當于濃縮10倍。
膜系統內由于濃差極化現象的存在，膜表面的料液含鹽量會變得更高。因此，原水由于被濃縮，膜表面的污染會比想象中發生的更快。
海水RO系統通常回收率為30%~45%，這主要是由海水滲透壓決定的。對含鹽量為35000mg/L的海水，滲透壓高達2.8MPa，目前制作的壓力容器的最大運行壓力通常為7.0MPa和8.4MPa兩種。
苦咸水RO系統通常運行回收率為50%一80%。在采取適當預處理的情況下，通常采用75%回收率，該回收率也稱為標準系統回收率。
采用75%回收率時，可選用6m長的壓力容器（內裝6個40in長的膜元件或4個60in長的膜元件），每個壓力容器最佳回收率為50%，當采用2:1排列時，系統回收率為75 010。該排列無需使用濃水循環，即可把相當高比例的給水轉為滲透水。
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